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Teaching
SoSe (summer term)
Biomedizinische Informationssysteme
Zunächst erfolgt die Definition und Diskussion des klassischen Begriffs der Informationsverarbeitung und der Informationssysteme. Außerdem werden grundlegende Bemerkungen zu Ontologien und Datenaustauschformaten gemacht, sowie relevante Beispiele aus der Praxis vorgestellt. Im Anschluss erfolgt eine Einführung in die typischen Datenquellen im Bereich der molekularen Medizin. Auf der Grundlage unterschiedlicher Integrationsansätze werden existierende Werkzeuge zur Integration heterogener Datenquellen diskutiert. Abschließend wird eine Einführung in die grundlegenden Techniken zur Entwicklung web-basierter Informationssysteme gegeben.
Mit theoretischen und praktischen Übungen werden die Themen der Vorlesung vertieft.
Medizinische Wissensverarbeitung
Die medizinische Wissensverarbeitung ist ein wesentliches Gebiet der "Medizinischen Informatik". Die molekulare Biologie in Kombination mit den Methoden der Bioinformatik hat auch dieses Gebiet in den vergangenen Jahren neu prägen können. Der diagnostische Einsatz der Methoden des fallbasierten Schließens (Case Based Reasoning) sowie der kausal probabilistischen Netze werden in dieser Vorlesung zentral behandelt.
Es werden die Themen der Vorlesung anhand von theoretischen und praktischen Übungsaufgaben vertieft.
WiSe (winter term)
Modellierung und Simulation metabolischer Netzwerke
Die Vorlesung gibt einen Überblick über die existierenden Modellansätze zur Modellierung metabolischer Netzwerke. Insbesondere wird die regelbasierte Modellierung sowie die Modellierung mit Petri-Netzen vorgestellt. Anschließend erfolgt ein Überblick über die verfügbaren Datenquellen im Internet sowie die verfügbaren Simulatoren.In dieser Übung werden verschiedene Themen aus der Vorlesung vertieft behandelt und praktisch nachvollzogen.
Schwerpunkte der Übung sind: Design molekularer Datenbanken, dynamische Modellierung von Pathways und Datenvisualisierung.
Parallele Algorithmen und Datenverarbeitung
Ausgangspunkt ist die Definition paralleler Algorithmen. Grundlegende theoretische Modelle der parallelen Datenverarbeitung werden vorgestellt (z.B. Schaltkreise, P-RAM). Der Entwurf paralleler Algorithmen wird diskutiert. Grundkonzepte parallele Architekturen werden vorgestellt.