Am 7. Mai 1990 wurde die Technische Fakultät gegründet und in diesem Zusammenhang die AG Fermentationstechnik. Geleitet wurde die AG von Prof. Dr. Erwin Flaschel, der vorher an der ETH Lausanne das Institut für Chemische Verfahrenstechnik geführt hatte. Am 1. September 1990 wurde die AG Fermentationstechnik (AGFT) durch Dr. techn. Karl Friehs verstärkt.
Die Ausrichtung der AGFT war u.a. Fermentationstechnik, Aufarbeitung von biotechnologischen Produkten und die Stammentwicklung von mikrobiellen Produktionsorganismen auf Basis der noch jungen Gentechnik.
1999 wurde der Diplom Studiengang Molekulare Biotechnologie eingerichtet, der ab 2004 als konsekutiver Bachelor / Master Studiengang weitergeführt wurde.
Die AGFT vertrat in der Lehre u.a. die Module Grundlagen der Biotechnologie, Reaktionstechnik, Grundlagen der Bioverfahrenstechnik, Aufarbeitung biotechnologischer Produkte, Biokatalyse, Fermentationstechnik und Angewandte Molekulargenetik.
2011 erfolgte die Gründung der Technologie - Plattform Fermentation am CeBiTec unter Leitung von Dr. Joe Max Risse, die an die AGFT angeschlossen war.
Erwin Flaschel ging am 1.4.2014 in den vorzeitigen Ruhestand und die AGFT wurde bis zur Berufung von Prof. Dr. Alexander Grünberger 2021 von Karl Friehs geleitet.
In den über 30 Jahren Forschung und Lehre gingen aus der AGFT eine Vielzahl von Jungen Biotechnologinnen und Biotechnologen mit Diplom, Bachelor, Master und Promotion hervor.