"Jesus Christus verkündete das Reich Gottes was kam, war die Kirche." Mit dieser nüchternen Feststellung hat der katholische Theologe Alfred Loisy im Jahre 1901 in der Auseinandersetzung mit dem evangelischen Theologen Adolf von Harnack einen Spannungsbogen aufgezeigt, unter dem das Studium der Kirchengeschichte steht.
Angewiesen auf Methoden der historischen Wissenschaften, werden in dieser Disziplin zentrale Problemstellungen unter theologischen Aspekten rekonstruiert und interpretiert. In Längsschnitten wird der Versuch gemacht, rote Fäden durch die Epochen zu entdecken und nachzuzeichnen.
Traditionell wird die Kirchengeschichte in Alte Kirche, Mittelalter, Reformation und Neuzeit eingeteilt.
Gerhard Ebeling hat in seiner Habilitationsvorlesung von 1946 vorgeschlagen, Kirchengeschichte als Geschichte der Auslegung der Heiligen Schrift aufzufassen. Damit hat er einen Interpretationshorizont gewonnen, unter dem profangeschichtliche und theologische Aspekte miteinander verbunden werden können. Im Kern fragt Kirchengeschichte kritisch nach der jeweiligen Gegenwart des gekreuzigten und auferstandenen Christus.
Mit Blick auf unterschiedliche Konfessionen und Denominationen wird Kirchengeschichte auch als Geschichte des Christentums bzw. der Christenheit aufgefasst. Unter der Formel "Versöhnte Verschiedenheit" spiegelt sich hier das gegenwärtige ökumenische Bewusstsein wider.