Das Zentrum ist auf eine Initiative von Wissenschaftlerinnen und Studentinnen vor allem aus den Fachbereichen Pädagogik, Soziologie, Literaturwissenschaft und Geschichte hin entstanden. Durch verschiedene Veranstaltungen, Hearings und andere Aktionen wurde 1980 die Einrichtung der Geschäftsstelle Frauenforschung finanziert aus Mitteln des Ministeriums für Wissenschaft und Forschung NRW sowie des Rektorats der Universität Bielefeld erreicht. Ihre Aufgabe bestand in der Vorbereitung eines „Universitätsschwerpunktes Frauenforschung“.
1982 wurde aus der Geschäftsstelle dann die „Interdisziplinäre Forschungsgruppe Frauenforschung (IFF)“, die zunächst auf vier Jahre eingerichtet wurde. Nach dieser ersten Erprobungsphase hat der Senat der Universität Bielefeld 1987 die dauerhafte Verankerung der IFF beschlossen.
1990 wurde die IFF vor dem Hintergrund eines neuen WissHG erneut begutachtet. Die funktionierende Arbeitsform mit der Mitarbeiterinnen-AG als zentralem beschlussfassendem Gremium musste dem Modell zentraler wissenschaftlicher Einrichtungen angepasste werden. 1992 bestätigte der Senat der Universität Bielefeld die IFF als eigenständige Forschungseinrichtung unter Leitung eines professoralen Vorstands. Die Interdisziplinäre Forschungsgruppe Frauenforschung wurde nun zum Interdisziplinären Frauenforschungs-Zentrum.
2004 wurde das IFF umbenannt in Interdisziplinäres Zentrum für Frauen- und Geschlechterforschung. 2016 wurde die Neuerrichtung des Zentrums unter dem Namen „Interdisziplinäres Zentrum für Geschlechterforschung (IZG)“ beschlossen.
Als zentrale wissenschaftliche Einrichtung unterliegt das Zentrum einer regelmäßig stattfindenden Evaluation durch den Senat bzw. durch das Rektorat der Universität.